Skuteczność konkretnego specyfiku
W przeciwieństwie do klasycznej medycyny, która od stosunkowo niedawna zdaje się dostrzegać zależności pomiędzy zdrowiem fizycznym i psychicznym, homeopatia od początku uznawana jest za dziedzinę holistyczną. O pozamaterialnym oddziaływaniu leczniczych substancji przekonywał już Samuel Hahnemann. Jego zdaniem cierpienie fizyczne znajduje bezpośredni wyraz w stanie psychicznym chorego, a leczenie homeopatyczne z wykorzystaniem właściwego specyfiku dla danej choroby przynosi rezultat na obu płaszczyznach. Nacisk na duchowe działania leków homeopatycznych wywołał zdecydowany opór ze strony naukowców hołdujących zasadom empirii. Poddali oni w wątpliwość skuteczność takiej terapii, jeśli wyników osiągniętych u jednego pacjenta nie dało się powtórzyć w leczeniu innego. Lekarz homeopata do dzisiaj kwestia ta wzbudza wiele kontrowersji. Skuteczności oddziaływania konkretnego specyfiku często nie jest w stanie określić nawet doświadczony lekarz homeopata. Z drugiej strony, stosowanie tradycyjnych środków farmakologicznych także nie daje stuprocentowo pewnych rezultatów.